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CENTRO DE INVESTIGACION DEL CANCER

  • Laboratorio 19

Dr. Javier De Las Rivas

Bioinformática y Genómica Funcional


Biografía

Investigador Científico (CSIC) 

Investigador Principal IP CiC 

Licenciado en Biología y Doctor en Ciencias, especialidad Bioquímica y Biología Molecular, por la Universidad del País Vasco (UPV,1990). Trabajó (1990-1993) como Investigador Postdoctoral en el Imperial College of Science, Technology and Medicine (Londres, UK). Fue Profesor Asociado (1993-1998) en el Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la UPV, en las Facultades de Farmacia y de Ciencias, impartiendo las asignaturas de Bioquímica, Biomoléculas y Regulación de Metabolismo. En 1998 ingresó en el CSIC como "Científico Titular" y en 2006 pasó a "Investigador Científico" en el área de Biología y Biomedicina (CSIC). Su trayectoria de investigación en bioquímica experimental está encuadrada en estudios de estructura y función de proteínas, particularmente proteínas implicadas en procesos redox. 

Desde 1998 investiga en el nuevo área de Bioinformática y Biología de Sistemas habiendose especializado en el EMBL (Heidelberg, Alemania) durante 1998 y en el Mount Sinai School of Medicine (New York, USA) en 2000-2001. Desde 2003 es investigador de plantilla del CIC-IBMCC en Salamanca, y dirige el Grupo de Investigación en Bioinformática. Trabaja en genómica funcional y transcriptomica, y en integración computacional de datos de expresión génica y de interaccion de proteínas en redes y sistemas biomoleculares.

Dr. Javier De Las Rivas
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Dr. Javier De Las Rivas
Grupo de Investigación Bioinformática y Genómica Funcional
Laboratorio 19
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Centro de Investigación del Cáncer (CiC-IBMCC, Universidad de Salamanca-CSIC)
Campus Universitario Miguel de Unamuno s/n
37007 Salamanca
SPAIN

Líneas de investigación


Líneas principales de investigación en Bioinformática aplicada a Biología Integrativa y de Sistemas en cáncer:

- Bioinformática y Genómica funcional : Desarrollo de métodos y estrategias de análisis de datos genómicos de microarrays de alta densidad, desde los valores de señal hasta la descripción e identificación de redes funcionales biomoleculares derivadas. En estos estudios se utilizan principalmente muestras de cáncer, bien de estudios clínicos de pacientes o de estudios sobre oncogenes concretos.

- Bioinformática y Proteómica e Interactomas : Desarrollo de métodos y estrategias bioinformáticas para análisis e integración de datos proteómicos de interacción de proteínas y construcción de redes de interactomas derivadas.

- Estudio Bioinformático de familias de Proteínas: Desarrollo de métodos y estrategias bioinformáticas para análisis y predicción de estructura y función de familias de proteínas.

Además como complemento mantine abierta una línea de trabajo experimental de Bioquímica:
- Análisis de estructura y dinámica funcional de proteínas por métodos biofísicos, principalmente FTIR.

Proyectos
  • JUNTA DE CASTILLA Y LEON (2026-2000)

    Identificación por métodos bioinformáticos de la red de genes que caracterizan un clasificador predictor de hempatías malignas a partir de datos de microarrays de expresión genómica

  • Junta de Castilla y León (2018-2000)

    Transcriptómica y epegenómica de células stem mesenquimales MSC normales y alteradas en hemopatías malignas

  • FUNDACION BBVA (2016-2000)

    Bioinformatics for statistical and functional analisis of geneme-wide expression data from cancer clinical samples

  • JUNTA DE CASTILLA Y LEON (2005-2000)

    Ingeniería reversa e inteligencia artificial aplicadas a datos genómicos para definir redes génicas y buscar biomarcadores en cancer hematológico

  • INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (2003-2000)

    Análisis estadístico y biológico por métodos bioinformáticas de resultados de chips genómicos de hemopatías malignas.

  • UNIVERSIDAD DE SALAMANCA (2001-2000)

    Modelo tridimensional por métodos computacionales y bioinformáticos de proteinas implicadas en la formación del complejo pre-replicataivo de eucariotas y análisis de estructura y función de sus macro y micro

  • Ministerio de Economía y Competitividad (2001-2000)

    PROTEIN INTERACTOME: Construction a new human protein nteractome Reference Set hsRS-PPl combining proteomic and bioinformatic work; steps to build a more comprehensive human interaction network.

  • Instituto de Salud Carlos III (2001-2000)

    Biología molecular integrativa de hemopatías malignas: análisis bioinformáticas de datos transcriptómicos y proteómicos para identificar genes marcadores, genes causales y redes reguladoras asociadas a subclases patológicas de dos síndromes proliferativos

  • Celgene Research S.L.U. (2001-2000)

    “Sponsored Research Agreement”

  • Instituto de Salud Salud Carlos III (2001-2000)

    ESTUDIO DE REDES FUNCIONALES DE GENES Y PROTEINAS POR METODOS BIOINFORMATICOS A PARTIR DE DATOS GENÓMICOS DE EXPRESIÓN Y DE INTERACCIÓN.

  • Fundación Solorzano (2001-2000)

    Expresión Genómica y cáncer: análisis bioinformática y construcción de un predictor multiclase para leucemias.

  • Instituto de Salud Carlos III (2001-2000)

    Genómica integrativa de leucemias y mieloma: estudio bioinformática de transcriptomas e interactomas a nivel omico para desentrañar los estados patológicos, redes derivadas y nodos críticos de estas enfermedades

Junta de Castilla y León Ministerio de economía y competitividad Fondo europeo de desarrollo regional
Publicaciones

(*) Means equal contribution as senior authors.



2018

Lmo2 expression defines tumor cell identity during T-cell leukemogenesis.

García-Ramírez I, Bhatia S, Rodríguez-Hernández G, González-Herrero I, Walter C, González de Tena-Dávila S, Parvin S, Haas O, Woessmann W, Stanulla M, Schrappe M, Dugas M, Natkunam Y, Orfao A, Domínguez V, Pintado B, Blanco O, Alonso-López D, De Las Rivas J, Martín-Lorenzo A, Jiménez R, García Criado FJ, García Cenador MB, Lossos IS, Vicente-Dueñas C, Borkhardt A, Hauer J, Sánchez-García I, 
EMBO J.; 2018-Jun; 1460-2075; e98783; 29880602


2017

Infection exposure promotes ETV6-RUNX1 precursor B cell leukemia via impaired H3K4 demethylases.

Rodríguez-Hernández G, Hauer J, Martín-Lorenzo A, Schafer D, Bartenhagen C, García-Ramírez I, Auer F, González-Herrero I, Ruiz-Roca L, Gombert M, Okpanyi V, Fischer U, Chen C, Dugas M, Bhatia S, Linka RM, Garcia-Suquia M, Rascón-Trincado MV, Garcia-Sanchez A, Blanco O, García-Cenador MB, García-Criado FJ, Cobaleda C, Alonso-López D, De Las Rivas J, Müschen M, Vicente-Dueñas C, Sánchez-García I, Borkhardt A, 
Cancer Res.; 2017-Jun; 1538-7445; canres.0; 28630052

Crebbp loss cooperates with Bcl2 over-expression to promote lymphoma in mice.

García-Ramírez I, Tadros S, González-Herrero I, Martín-Lorenzo A, Rodríguez-Hernández G, Moore D, Ruiz-Roca L, Blanco O, Alonso-López D, De Las Rivas J, Hartert K, Duval R, Klinkebiel D, Bast M, Vose J, Lunning M, Fu K, Greiner T, Rodrigues-Lima F, Jiménez R, García Criado FJ, García Cenador MB, Brindle P, Vicente-Dueñas C, Alizadeh A, Sánchez-García I, Green MR, 
Blood; 2017-Mar; (); ; 28288979


2016
2015

Unraveling heterogeneous susceptibility and the evolution of breast cancer using a systems biology approach.

Castellanos-Martín A, Castillo-Lluva S, Sáez-Freire Mdel M, Blanco-Gómez A, Hontecillas-Prieto L, Patino-Alonso C, Galindo-Villardón P, Pérez Del Villar L, Martín-Seisdedos C, Isidoro-García M, Abad-Hernández Mdel M, Cruz-Hernandez JJ, Rodríguez-Sánchez CA, González-Sarmiento R, Alonso-López D, De Las Rivas J, García-Cenador B, García-Criado J, Lee do Y, Bowen B, Reindl W, Northen T, Mao JH, Perez-Losada J, 
Genome Biol.; 2015-; 16(); 40; 25853295


2014
2013

Best practices in bioinformatics training for life scientists.

Via A, Blicher T, Bongcam-Rudloff E, Brazas MD, Brooksbank C, Budd A, De Las Rivas J, Dreyer J, Fernandes PL, van Gelder C, Jacob J, Jimenez RC, Loveland J, Moran F, Mulder N, Nyronen T, Rother K, Schneider MV, Attwood TK, 
Brief. Bioinformatics; 2013-09; 14(5); 528-37; 23803301

iAnn: an event sharing platform for the life sciences.

Jimenez RC, Albar JP, Bhak J, Blatter MC, Blicher T, Brazas MD, Brooksbank C, Budd A, De Las Rivas J, Dreyer J, van Driel MA, Dunn MJ, Fernandes PL, van Gelder CW, Hermjakob H, Ioannidis V, Judge DP, Kahlem P, Korpelainen E, Kraus HJ, Loveland J, Mayer C, McDowall J, Moran F, Mulder N, Nyronen T, Rother K, Salazar GA, Schneider R, Via A, Villaveces JM, Yu P, Schneider MV, Attwood TK, Corpas M, 
Bioinformatics; 2013-07; 29(15); 1919-21; 23742982


2012
2013
2012
2011

PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions.

Aranda B, Blankenburg H, Kerrien S, Brinkman FS, Ceol A, Chautard E, Dana JM, De Las Rivas J, Dumousseau M, Galeota E, Gaulton A, Goll J, Hancock RE, Isserlin R, Jimenez RC, Kerssemakers J, Khadake J, Lynn DJ, Michaut M, Ono K, Orchard S, Prieto C, Razick S, Rigina O, Salwinski L, Simonovic M, Velankar S, Winter A, Wu G, Bader GD, Cesareni G, Donaldson IM, Eisenberg D, Kleywegt GJ, Overington J, Ricard-Blum S, Tyers M, Albrecht M, Hermjakob H, 
Nat. Methods; 2011-06; 8(7); 528-9; 21716279


2010
2011
2010
2009
2008
2007

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

Orchard S, Salwinski L, Kerrien S, Montecchi-Palazzi L, Oesterheld M, Stümpflen V, Ceol A, Chatr-aryamontri A, Armstrong J, Woollard P, Salama JJ, Moore S, Wojcik J, Bader GD, Vidal M, Cusick ME, Gerstein M, Gavin AC, Superti-Furga G, Greenblatt J, Bader J, Uetz P, Tyers M, Legrain P, Fields S, Mulder N, Gilson M, Niepmann M, Burgoon L, De Las Rivas J, Prieto C, Perreau VM, Hogue C, Mewes HW, Apweiler R, Xenarios I, Eisenberg D, Cesareni G, Hermjakob H, 
Nat. Biotechnol.; 2007-08; 25(8); 894-8; 17687370


Gutiérrez NC, Ocio EM, De Las Rivas J, Maiso P, Delgado M, Fermiñán E, Arcos MJ, Sanchez ML, Hernández JM, San Miguel JF, 
; ; ; ; 17252022


2006

[Bone metastases].

Vicent S, Luis-Ravelo D, Antón I, Hernández I, Martínez S, De Las Rivas J, Gúrpide A, Lecanda F, 
An Sist Sanit Navar; 2006-09; 29(2); 177-88; 17001355


2007
2006
2005
Patentes
  • Méthode de diagnostic in vitro de patients souffrant d'un lymphome splénique de la zone marginale
    Hernández Rivas Jesús María / García Hernández Juan Luis / Robledo Montero Cristina
    ES2371000 (A1) WO2011154579 (A1); 2010-06-07

  • Uso de sondas para el diagnóstico del linfoma esplenico de la zona marginal
    Hernández Rivas Jesús María / García Hernández Juan Luis
    ES2284408 (A1); 2007-01-30

  • Experimental models for non-microcytic lung cancer metastasis to bone
    Lecanda Cordero Fernando /Vicent Cambra Silvestre / De Las Rivas Sanz Francisco Ja
    WO2008031910 (A2); 2006-09-15

Grupo
  • Álvaro Andrades Delgado Álvaro Andrades Delgado

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    Investigador Principal IP CiC 

    Licenciado en Biología y Doctor en Ciencias, especialidad Bioquímica y Biología Molecular, por la Universidad del País Vasco (UPV,1990). Trabajó (1990-1993) como Investigador Postdoctoral en el Imperial College of Science, Technology and Medicine (Londres, UK). Fue Profesor Asociado (1993-1998) en el Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la UPV, en las Facultades de Farmacia y de Ciencias, impartiendo las asignaturas de Bioquímica, Biomoléculas y Regulación de Metabolismo. En 1998 ingresó en el CSIC como "Científico Titular" y en 2006 pasó a "Investigador Científico" en el área de Biología y Biomedicina (CSIC). Su trayectoria de investigación en bioquímica experimental está encuadrada en estudios de estructura y función de proteínas, particularmente proteínas implicadas en procesos redox. 

    Desde 1998 investiga en el nuevo área de Bioinformática y Biología de Sistemas habiendose especializado en el EMBL (Heidelberg, Alemania) durante 1998 y en el Mount Sinai School of Medicine (New York, USA) en 2000-2001. Desde 2003 es investigador de plantilla del CIC-IBMCC en Salamanca, y dirige el Grupo de Investigación en Bioinformática. Trabaja en genómica funcional y transcriptomica, y en integración computacional de datos de expresión génica y de interaccion de proteínas en redes y sistemas biomoleculares.

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