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CENTRO DE INVESTIGACION DEL CANCER

Unidad de Bioinformática

La Unidad de Bioinformática con apoyo y asesoramiento del Grupo de Investigación en Bioinformática y Genómica Funcional del Centro de Investigación del Cáncer (CIC-IBMCC, USAL/CSIC) ofrece servicios de análisis computacional y bioinformático de datos biomoleculares complejos, con especial capacidad en análisis de datos transcriptómicos (ligados al RNA) o genómicos (ligados al DNA) derivados de varias plataformas, principalmente de Affymetrix. La Unidad de Bioinformática empezó su andadura en junio de 2008.

Para más información consultar: http://ubioinfo.cicancer.org

Servicios

  • Análisis múltiple comparativo de dos estados. Análisis para búsqueda e identificación de genes –u otra entidad biomolecular como miRNAs, etc– que sean estadísticamente significativos utilizando técnicas de contraste diferencial de dos estados (NORMAL versus ALTERADO) con un mínimo de 2 réplicas biológicas para cada estado.
  • Análisis de perfiles de expresión de genes específicos a lo largo de múltiples estados/condiciones/individuos. Análisis integrado de datos para identificación del perfil de expresión de genes de especial interés en las condiciones en estudio.
  • Análisis funcional. Estudios de anotación y asignación biológicafuncional en base a enriquecimiento y a metodos de asociación y clustering. Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variar mucho dependiendo de los objetivos de cada estudio.
  • Herramientas software. La unidad facilita el uso de las diversas herramientas bioinformáticas disponibles:
    • De acceso libre: Herramientas y bases de datos proporcionadas a la comunidad científicas por otros grupos de investigación.
    • Comerciales: Herramientas licenciadas por el CIC-IBMCC y cuyo uso y asesoramiento es gestionado por la Unidad como Ingenuity Pathways Analysis.
    • De desarrollo y creación propia: La unidad y el grupo de investigación del Dr. Javier De Las Rivas desarrollan herramientas bioinformáticas que ponen a disposición de los investigadores. Algunas de ellas son: GATExplorer, APID, APIDConnector o GeneTerm Linker
  • Análisis a medida. Se pueden presupuestar y hacer análisis a medida para series de datos de plataformas no estandar. También se pueden ampliar estudios sobre series de datos ya analizadas anteriormente Asesoramiento y consultas. Es frecuente que fuera de estudios presupuestados y realizados, se realicen numerosos trabajos de asesoramiento y ayuda al personal científico e investigador del CIC-IBMCC y del Campus que nos pide ayuda concreta en temas de Bioinformática.
  • Asesoramiento y consultas. Es frecuente que fuera de estudios presupuestados y realizados, se realicen numerosos trabajos de asesoramiento y ayuda al personal científico e investigador del CIC-IBMCC y del Campus que nos pide ayuda concreta en temas de Bioinformática.

Coordinador Científico

Javier De Las Rivas.Tel.: 923 294 819 (E-mail: jrivas@usal.es)

Contacto y Localización

Unidad de Bioinformática
Centro de Investigación del Cáncer
(CSIC-Universidad de Salamanca)
Campus Universitario Miguel de Unamuno s/n
E- 37007 Salamanca (ESPAÑA)
Diego Alonso López
Tel.: 923 294 821
E-mail: diego.alonso@usal.es