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CENTRO DE INVESTIGACION DEL CANCER

Unidad de Genómica

En nuestra Unidad ofrecemos servicios completos para: a) Análisis de perfiles de expresión génica y de genotipado utilizando la tecnología de Affymetrix b) Impresión y procesamiento de chips home-made. c) Secuenciación. d) Técnicas genómicas como RT-PCR.La filosofía de la Unidad es proporcionar servicios completos tanto a clientes internos como externos. Por servicios completos entendemos llevar a cabo el proceso analítico completo: a partir de la muestra experimental (ARN total o ADN genómico) realizamos todos los pasos requeridos, incluyendo asesoramiento técnico sobre el diseño experimental, el control de calidad de las muestras proporcionadas, el análisis de microarrays, y un análisis bioinformático estándar.Las propias instalaciones y sus protocolos experimentales han sido certificados según el sistema ISO9001. El Sistema de Gestión de Seguridad y Salud en el Trabajo también está certificada por el sistema OHSAS 18001).


Servicios

Secuenciación de ADN contenido en plásmidos o de fragmentos de PCR utilizando un secuenciador ABI-3130 xl (Applied Biosystems). Este sistema permite también el genotipado y análisis de SNPs.• Estudios genómicos utilizando la tecnología Affymetrix. Los principales servicios ofertados dentro de esta categoría son:
1) Análisis completo de expresión génica diferencial utilizando el sistema GeneChip de Affymetrix en diferentes organismos. Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip Human Genome U133 Plus 2.0 – Gene Chip Mouse Genome 430 2.0 – Gene Chip Rat Genome 230 2.0 Array – Gene Chip Arabidopsis ATH1 Genome Array – Gene Chip Drosophila Genome 2.0 Array – Gene Chip Yeast Genome 2.0 Array Más información sobre estos chips se puede encontrar en www.affymetrix.com
2) Análisis de expresión génica diferencial utilizando el sistema Gene 1.0 ST de Affymetrix en diferentes organismos. Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip Human Gene 1.0 ST Array – Gene Chip Mouse Gene 1.0 ST Array – Gene Chip Rat Gene 1.0 ST Array Nueva versión (2007) de arrays para estudios de expresión diferencial más completo y económico que los clásicos GeneChip Arrays. Más información sobre estos chips puede encontrarse en la página web: www.affymetrix.com
3) Análisis de expresión diferencial y splicing alternativo de genes utilizando el sistema Exon 1.0 ST de Affymetrix en diferentes organismos. Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip Human Exon 1.0 ST Array – Gene Chip Mouse Exon 1.0 ST Array – Gene Chip Rat Exon 1.0 ST Array Para más información ver www.affymetrix.com4) Identificación de zonas promotoras reguladoras a nivel genómico mediante immunoprecipitación (ChIP-on-chip) así como muchos otros tipos de estudios a nivel del genoma completo. Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip S.pombe Tiling 1.0 FR Array – Gene Chip S.cerevisiae Tiling 1.0 FR Array – Gene Chip Human Tiling 1.0 R Array Más información en www.affymetrix.com5) Análisis de polimorfismos SNPs y de variación del número de copias (Copy Number). Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip Human Mapping 250K NspI/StyI Arrays – Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Para más información https//www.affymetrix .com6) Análisis de microRNAs y sus precursores en distintos organismos. Los principales tipos de arrays de este tipo son: – Gene Chip miRNA 2.0 Array Para más información ver www.affymetrix.com• Impresión y procesamiento de chips home-made. Ofrecemos un sistema para preparar microarrays home-made utilizando el Arrayer MGII de Biorobotics. Las muestras son proporcionadas por el usuario (oligonucleótidos, ADNc o ADN clonado en BACs). Estos microarrays son hibridados con el sistema automatizado hs4800pro (Tecan). Por último, los microarrays se escanean usando el sistema de GenePix4000 de Axon.Nuestra Unidad proporciona los archivos necesarios para el posterior análisis con herramientas bioinformáticas.

Equipamiento

Análisis de la calidad del ARN:
• Agilent 2100 BioanalyzerPlataforma para el análisis de arrays de Affymetrix:
• GeneChip Hybridization Oven 640
• GeneChip Fluidics Station 450
• Gene Array Scanner 3000 7G
Plataforma para la fabricación de arrays a la carta:
• Biorobot 3000 (Qiagen)
• Arrayer MGII (Biorobotics)
• Estación de hibridación HS 4800 Pro (Tecan)
• GenePix 4000B (Axon)
Secuenciador automático, de 16 capilares, ABI Prism 3130xl (Applied Biosystems)Los servicios de esta Unidad y el programa general de servicios del Programa Genómica / Proteómica / Bioinformática de la Red Española de Grupos de Cáncer se puede encontrar en: http://www.rticcc.org/articulos/p3n/

 

Coordinador Científico

Xosé R. Bustelo Tel.: 923 294 816E-mail: xbustelo@usal.es/ encarnaf@usal.es

Dirección y contacto

Unidad de Genómica
Centro de Investigación del Cáncer (CSIC-Universidad de Salamanca)
Campus Universitario Miguel de Unamuno s/n E- 37007 Salamanca (ESPAÑA)
María Encarnación Fermiñán BenitoTel.: 923 294 816E-mail: encarnaf@usal.es