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La obtención de la secuenciación del genoma de varios organismos y el rápido desarrollo de metodologías para detectar la variación genética y de tecnologías para examinar la expresión genética del genoma están revolucionando el estudio de la biología humana, animal y vegetal y de la microbiología. Sin embargo, la mayoría de los investigadores y profesores no deciden incluir la genética moderna en sus investigaciones y cursos debido al coste de las tecnologías y herramientas y al carácter especializado de las técnicas. La Unidad de Genómica y Proteómica (UGP) ofrece recursos para investigar las funciones de los genes, prestando un especial interés en aplicar nuevos métodos en el análisis de la expresión proteínica y del ARN, la variabilidad del ADN y la caracterización de la función de los genes.La UGP es una unidad de servicios que ofrece los conocimientos técnicos y las herramientas necesarios para todas las fases de los análisis genómicos y proteómicos, que abarcan desde la preparación de una muestra hasta el análisis y la administración de datos tanto para investigadores de la Universidad de Salamanca como para investigadores de otras instituciones.
La UGP es un centro de investigación y lleva a cabo varios proyectos de investigación y desarrollo, entre los que cabe destacar: un extenso estudio de reproducibilidad mediante la técnica de microarray; el desarrollo de tecnología de chips para aplicaciones citogenéticas; la evaluación crítica de los umbrales de significación dependientes de señal; la optimación de los protocolos para la hibridación de los genechip y el array Affymetrix; y la anotación funcional de nuevos genes. Asimismo, la UGP también es un centro educativo y ofrece talleres sobre genómica y proteómica, prácticas sobre el tratamiento de datos, cursos de doctorado y seminarios.
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•Técnicas genómicas
Se cree que tanto el cáncer como muchas
otras enfermedades se originan por alteraciones
permanentes en los modelos de expresión
genética. La tecnología microarray
del ADN ha ofrecido a los investigadores una oportunidad
sin precedentes: monitorizar el modelo de expresión
de miles de genes simultáneamente. Esto
facilita el puesta en práctica de mejores
mÉtodos para la diagnosis, el pronóstico
y el tratamiento de enfermedades. Nuestra Sección
de Genómica produce microarrays basados
en grupos de clones comercializados, desarrolla
sondas, hibrida y explora arrays. Asimismo, la
Sección ofrecerá nuevos mÉtodos
robotizados para la rápida purificación
y manipulación de muestras de ácido
nucleico.
- ANÁLISIS
GENOMICOS MEDIANTE TECNOLOGÍA AFFYMETRIX.
El Centro de Investigación del Cáncer
(CIC) puede hibridar y analizar muestras utilizando
tecnología Affymetrix GeneChip®, ofreciendo
los siguientes servicios:
1) Análisis completo de expresión
génica diferencial utilizando el sistema
GeneChip de Affymetrix en diferentes organismos:
- Gene Chip Human Genome U133 Plus 2.0
- Gene Chip Mouse Genome 430 2.0
- Gene Chip Rat Genome 230 2.0 Array
- Gene Chip Arabidopsis ATH1 Genome Array
- Gene Chip Drosophila Genome 2.0 Array
- Gene Chip Yeast Genome 2.0 Array
Arrays para estudios de expresión diferencial de genes. Más información en www.affymetrix.com.
Desde la Unidad de Genómica podemos facilitar una lista completa de todos los genes determinando su Presencia o Ausencia (Detección), así como su señal.
Esta información se ofrece en un plazo de 2-3 semanas aproximadamente.
Por otro lado, la Unidad de Bioinformática del CIC puede proporcionar un análisis estadíistico más robusto (http://ubioinfo.cicancer.org).
2) Otros servicios que se ofrecen en la
Unidad del Genómica del CIC:
• Gene Array System
- Gene Chip Human Gene 1.0 ST Array
- Gene Chip Mouse Gene 1.0 ST Array
- Gene Chip Rat Gene 1.0 ST Array
Nueva versión (2007) de arrays para estudios de expresión diferencial más completo y económico que los clásicos GeneChip Arrays. Más información en www.affymetrix.com.
Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
• Exon Array System
- Gene Chip Human Exon 1.0 ST Array
- Gene Chip Mouse Exon 1.0 ST Array
- Gene Chip Rat Exon 1.0 ST Array
Permiten analizar expresión diferencial y splicing alternativo de genes.
Para más información ver www.affymetrix.com
Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
• Tiling Array System
- Gene Chip S.pombe Tiling 1.0 FR Array
Arrays para la identificación de zonas promotoras reguladoras a nivel genómico mediante immunoprecipitación (ChIP-on-chip). Como cubren todo el genoma de la levadura S. pombe, también sirven para muchos otros tipos de estudios de hibridación a nivel del genoma completo. Más información en www.affymetrix.com
Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
• Gene Chip Human Mapping 250K NspI/StyI Arrays
Arrays para realizar análisis de polimorfismos SNPs y de variación del número de copias (Copy Number). Más información en www.affymetrix.com
Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
Personal de contacto
Dra.
Encarna Fermiñán
Técnico senior del Centro de Investigaciones
Científicas (CSIC)
Laboratorio 16
- ANÁLISIS
DEL TRANSCRIPTOMA MEDIANTE CHIPS DE VIDRIO
La Sección de Genómica ofrece también—como
complemento opcional—la posibilidad de procesar
biochips de cristal mediante el sistema automatizado
GeneTAC (GenomeSystems Co). Esta herramienta permite
la hibridación automática y el lavado
de hasta 12 platinas de cristal. Las platinas
pueden procesarse en paralelo utilizando hasta
6 condiciones de hibridación diferentes.
Las platinas serán posteriormente examinadas
mediante el sistema GenePix4000 (Axon). El cliente
facilitará los cADN Cy3 y Cy5 para un posterior
procesamiento. La unidad llevará a cabo
la hibridación, el lavado, el análisis
y el tratamiento de los datos finales.
Generación de chips de cristal
La Sección de Genómica llevará
a cabo la fabricación de chips mediante
oligonucleótidos, cADN o clones BAC facilitados
por el cliente. La fabricación se hará
teniendo en cuenta los procedimientos normales.
Con este propósito, los clones serán
procesados mediante el Microgrid-II arrayer (BioRobotics).
Generación de chips basados en nitrocelulosa
La Sección—utilizando el Microgrid-II arrayer—podrá
detectar los clones de bacterias, las colecciones
de cADN, o purificar los anticuerpos para producir
filtros que faciliten las caracterizaciones genómicas
o el análisis del transcriptoma/proteómico.
Purificación de ADN
La Sección—mediante el Biorobot 3000 automatic
liquid handler (Qiagen)—podrá realizar
los siguientes servicios: 1) Purificación
a gran escala, cuantificación y normalización
de los clones de ADN plasmídicos y BAC
de cultivos bacteriales. 2) Minipreps plasmídicos.
3) Purificación de fragmentos PCR. 4) Preparar
reacciones de PCR a gran escala. 5) Reordenar
las muestras (los ADN, clones bacteriales, etc.).
Personal de contacto
Dra.
Eva García
Técnico titulado superior
Laboratorio 16
- TRATAMIENTO
DE CLONES BACTERIALES
La Sección—mediante el Qpix colony picker
(Genetix)—puede seleccionar colonias aisladas
crecidas en medio cultivo sólido y depositarlos
en placas multipocillos de diferentes formatos.
Además, los clones pueden ser combinados
u ordenados según las especificaciones
del cliente.
Personal de contacto
Dr.
Felipe X. Pimentel
Investigador del programa Ramón y Cajal
Laboratorio 18
- SECUENCIACIÓN
DE ADN
La Sección-mediante el secuenciador ABI
3100 (Applied Biosystems)-puede procesar las muestras
de ADN de los clientes para llevar a cabo la secuenciación
de ADN, el análisis de fragmentos de los
ADN diagnosticados y la detección de residuos
metilados (utilizando tanto software GeneScan
como Genotyper, Applied Biosystems). Como se ha
indicado anteriormente, la tecnología Affymetrix
también permite realizar el análisis
de SNP y llevar a cabo otras técnicas de
determinación de los genotipos.
Personal de contacto
Dr.
Estela Hernández
Técnico titulado superior
Laboratorio 16
•Técnicas proteómicas
El objetivo de la Unidad de Proteómica
es facilitar y potenciar la investigación
científica mediante la oferta de un amplio
rango de análisis proteómicos así
como tareas de asesoría y divulgación
de las aplicaciones de las tecnologías
proteómicas.
La Unidad pertenece al Instituto Nacional de Proteómica
(Nodo 4, ProteoRed). Los servicios de esta Unidad
están disponibles para todos los centros
adscritos a la Universidad de Salamanca así
como cualquier otro centro público o privado.
Los servicios tienen que ser
solicitados a través del enlace: www.proteored.org
(en el apartado de NODO 4)
Para cualquier consulta contactar
con:
Dra. Nieves Ibarrola
nibarrola@proteored.org
tel: +34 923-294817
Responsable Principal: Dr. Xosé Bustelo
xbustelo@proteored.org
•Técnicas celómicas
Un problema importante en el campo de la postgenómica
es que todavía se desconoce o no ha sido
definida aún la función de aproximadamente
un 30% de nuestros genes. Por lo tanto, es conveniente
desarrollar nuevas técnicas robóticas
que sirvan para una identificación rápida
y exhaustiva de los genes implicados en respuestas
biológicas específicas. En nuestro
Servicio, estamos poniendo en práctica
nuevas técnicas celómicas que puedan
ayudarnos en la anotación funcional de
los loci del genoma humano. Con este propósito,
nos esforzamos por generar librerías de
expresión de gran complejidad y métodos
robotizados para el análisis de células
“in vivo” que permitan buscar genes y proteínas
implicados en funciones específicas, entre
ellas la apoptosis, la proliferación y
la oncogénesis.
El Servicio ofrece actualmente especialistas y
reactivos para poner en marcha este tipo de análisis.
Para más información, pueden visitar
la página web de Dr. Felipe Pimentel.
- Servicios
celómicos ofrecidos.
• Construcción de librerías
de gran complejidad para análisis funcionales.
• Diseño y expertos en métodos
de análisis utilizando cultivos de células
“in vivo” de células de mamíferos
- Personal
de contacto
Dr.
Felipe X. Pimentel
Investigador del programa Ramón y Cajal
Coordinación general. Desarrollo de análisis
funcional del genoma humano.
Laboratorio 18
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Unidad de genómica y proteómica