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Usage Guidelines

GENOMICS USAGE GUIDELINES PRICE LIST SERVICES

Servicio de secuenciación 

Solicitud

La solicitud se realiza por comunicación escrita al mail genomica.cic@usal.es indicando: fecha, nombre, grupo/laboratorio, mail, datos de facturación, número y nombre de las muestras. O apuntándolo en el cuaderno del congelador donde se dejan las muestras.

Preparación de muestras

Puedes descargar aquí  las instrucciones.

Recepción de muestras

Los usuarios internos deberán dejar las muestras en el congelador en el pasillo enfrente de la entrada a la Unidad de Genómica (caja/cajón “secuencias”, dentro de las cajas 1 y 2). Deberán apuntarse en el “Cuaderno de Secuenciación” junto al congelador, dejando los siguientes datos: fecha, nombre, e-mail, laboratorio al que se pertenece, número y nombre de las muestras, tipo y cantidad de DNA en ng, método empleado para la extracción y la Tm del oligo, muy importante para asegurar la unión de éste al molde durante la PCR.

Los usuarios externos deben enviar las muestras a nuestra unidad por correo postal (ver abajo). Deberán enviar un mail con la siguiente información: fecha, nombre, e-mail, laboratorio al que se pertenece, número y nombre de las muestras, tipo y cantidad de DNA en ng, método empleado para la extracción y la Tm del oligo, muy importante para asegurar la unión de éste al molde durante la PCR.

Servicio de bioanálisis en Agilent

Solicitud

La solicitud se realiza por comunicación al mail genomica.cic@usal.es indicando: nombre, laboratorio, (datos de facturación para usuarios externos), tipo de chip (nano o pico), número y nombre de las muestras. También hay que indicar el margen de concentración aproximada de las muestras, o en su defecto con/sin dilución.

Recepción de muestras

Los usuarios internos deberán dejar las muestras en la caja marcada como “AGILENT” en el ultracongelador de Genómica (planta -1).

Los usuarios externos deben enviar las muestras a nuestra unidad por correo postal (ver abajo).


Servicio de microarrays

Solicitud

La solicitud se puede descargar aquí . Para muestras de baja calidad también hay que rellenar el compromiso  de muestras de baja calidad por parte del usuario. La solicitud cumplimentada se enviará al mail genomica.cic@usal.es

Tipo de análisis y preparación de muestras

  1. Análisis completo de expresión génica diferencial utilizando el sistema GeneChip de Affymetrix en diferentes organismos:
    • Gene Chip Human Genome U133 Plus 2.0
    • Gene Chip Mouse Genome 430 2.0
    • Gene Chip Rat Genome 230 2.0 Array
    • Gene Chip Arabidopsis ATH1 Genome Array
    • Gene Chip Drosophila Genome 2.0 Array
    • Gene Chip Yeast Genome 2.0 Array
      Más información sobre estos chips se puede encontrar en www.affymetrix.com
      El precio incluye:
      1. Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).
      2. Síntesis de cDNA.
      3. Síntesis de cRNA biotinilado.
      4. Hibridación con chips humanos, de ratón u otros.
      5. Integración informática de los resultados obtenidos.
      6. El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso en otros programas informáticos de análisis genómicos. Los datos que se suministrarán contendrán el listado total de genes con su detección (Presencia/Ausencia) y su señal.
        El servicio tarda por lo general 2-3 semanas si el cliente avisa con antelación del suministro de las muestras.
        En el CIC, a través de su Unidad de Bioinformática, puede también realizar, a petición del usuario, análisis estadísticos y de anotación funcional de los resultados obtenidos. Más información sobre este servicio adicional, que no se incluye en el precio de los chips dados en este catálogo, puede encontrase en la página web: http://ubioinfo.cicancer.org.

Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

  1. Otros servicios que se ofrecen en la Unidad del Genómica del CIC

Gene Array System

  • Gene Chip Human Gene 1.0 ST Array
  • Gene Chip Mouse Gene 1.0 ST Array
  • Gene Chip Rat Gene 1.0 ST Array
  • Clariom S Arrays Human/Mouse
  • Clariom D Arrays Human/Mouse
  • Human transcriptome Array
  • Mouse transcriptome Array
  • Prime View Array

Versión de arrays para estudios de expresión diferencial más completo y económico que los clásicos GeneChip Arrays. Más información sobre estos chips puede encontrarse en la página web: www.affymetrix.com
El precio incluye:

  1. Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).
  2. Síntesis de cDNA.
  3. Síntesis de cRNA
  4. Síntesis de la cadena DNA con sentido DNA SS (+)
  5. Hidrólisis y limpieza del DNA SS(+)
  6. Fragmentación del DNA SS(+)
  7. Marcaje del DNA SS (+) fragmentado
  8. Hibridación con chips humanos, de ratón u otros
  9. Escaneado de los arrays (archivo .CEL)
  10. El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso en otros programas informáticos de análisis genómicos

NOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL). El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC (http://ubioinfo.cicancer.org).
Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

Exon Array System

  • Gene Chip Human Exon 1.0 ST Array
  • Gene Chip Mouse Exon 1.0 ST Array
  • Gene Chip Rat Exon 1.0 ST Array

Permiten analizar expresión diferencial y splicing alternativo de genes. Para más información ver www.affymetrix.com

El precio incluye:

  1. Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).
  2. Reducción RNA ribosomal
  3. Análisis del RNA reducido usando el BioAnalizer (Agilent).
  4. Síntesis de cDNA
  5. Síntesis de cRNA
  6. Síntesis de la cadena DNA con sentido DNA SS (+)
  7. Hidrólisis y limpieza del DNA SS(+)
  8. Fragmentación del DNA SS(+)
  9. Marcaje del DNA SS (+) fragmentado
  10. Hibridación con chips humanos, de ratón u otros
  11. Escaneado de los arrays (archivo .CEL)
  12. El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso en otros programas informáticos de análisis genómicos
    NOTA IMPORTANTE: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
    El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC; http://ubioinfo.cicancer.org
    Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

Tiling Array System

  • Gene Chip S.pombe Tiling 1.0 FR Array
  • Gene Chip S.cerevisiae Tiling 1.0 FR Array

Arrays para la identificación de zonas promotoras reguladoras a nivel genómico mediante immunoprecipitación (ChIP-on-chip). Como cubren todo el genoma de la levadura S. pombe, también sirven para muchos otros tipos de estudios de hibridación a nivel del genoma completo. Más información en www.affymetrix.com

El precio incluye:

  1. Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).
  2. Síntesis del cDNA
  3. Fragmentación del cDNA
  4. Marcaje del cDNA fragmentado
  5. Hibridación con chips humanos, de ratón u otros
  6. Escaneado de los arrays (archivo .CEL)
  7. El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso en otros programas informáticos de análisis genómicos
    NOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
    El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC; http://ubioinfo.cicancer.org
    Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

miRNA Array System
Arrays para el estudio de microRNAs de distintos organismos. Más información en www.affymetrix.com
El usuario suministra aproximadamente 1.5 µg de RNA total a unos 150 ng/µl
Este RNA total debe estar purificado mediante alguno de los siguientes kits, ya que es necesario preservar los RNAs de bajo peso molecular:

  • Marligen Vantage kits
  • Applied Biosystems miRVana kits
  • Qiagen miRNeasy kits

El precio incluye:

  1. Análisis de cantidad y calidad de los RNA suministrados usando el BioAnalyzer (Agilent).
  2. Tailing PolyA
  3. Ligación con Flash Tag kit
  4. Ensayo de calidad del marcaje (ELOSA)
  5. Hibridación miRNA Arrays
  6. Escaneado de los arrays (archivo .CEL)
  7. El cliente recibe los datos tanto en papel como en CD en un formato compatible con su uso en otros programas informáticos de análisis genómicos
    NOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL).
    El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC; http://ubioinfo.cicancer.org
    Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

Servicio completo de genotipado-SNPs y CNV Gene Chip Human Mapping 250K NspI/StyI arrays,

  • Genome-Wide Human SNP 6.0 Arrays,
  • CytoScan 750k arrays
  • CytoScan HD arrays

La Unidad de Genómica ofrece el servicio completo de genotipado-SNPs y CNV con la plataforma de Affymetrix. El empleo de Genome-Wide Human SNP 6.0 y CytoScan arrays también permite detectar pérdida de heterocigosidad (LOH) y Disomía Uniparental en un único ensayo. Para más información https//www.affymetrix .com.

En el procesamiento de muestras el ADN genómico es inicialmente digerido con enzimas de restricción, posteriormente ligado a un adaptador con T4 DNA ligasa y amplificado por PCR. Los productos de PCR una vez purificados y normalizados, son fragmentados (DNAsaI) y finalmente marcados usando deoxynucleotidil transferasa, para posteriormente hibridar en el correspondiente array.

Al cliente se le entrega un informe en papel y un DVD con todos los ficheros obtenidos, incluyendo los generados mediante el uso del software AGCC y ChAS.

NOTA: Desde la Unidad de Genómica sólo podemos ofrecer los datos en crudo (es decir los archivos .CEL). El usuario deberá realizar el estudio final en su laboratorio o, alternativamente, contactar con la Unidad de Bioinformática del CIC (http://ubioinfo.cicancer.org).
Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

Servicio OncoScan. Es un ensayo de arrays a nivel de todo el genoma para la investigación en citogenética molecular y análisis de alta resolución de variación en el número de copias de ADN. Emplea la tecnología MIP (Molecular Inversion Probe) para capturar los alelos de ~220,000 SNPs de localizaciones génomicas cuidadosamente seleccionadas, distribuidos homogéneamente en todo el genoma y con mayor densidad en ~900 genes relacionados con cáncer.

Para la realización de todos estos servicios en la Unidad contamos con la siguiente infraestructura:

  1. Secuenciador automático ABI-3100, Applied Biosystems
  2. Bioanalyzer System 2100 de Agilent.
  3. Microarrayer (Microgrid II, Biorobotics) para la fabricación de chips a la carta.
  4. Hibridador/lavador automático de chips de vidrio (HS 4800 Pro de TECAN).
  5. Scanner para leer los chips hibridados (GenePix4000B, Axon).
  6. Plataforma “GeneChip®System 3000 Node de Affymetrix” para análisis genómicos compuesto por:
    Para la preparación de muestras puedes descargar aquí  las instrucciones.

Recepción de muestras

Los usuarios internos deberán dejar las muestras de ARN en la caja marcada como "ARRAYS" en rojo en el ultracongelador de Genómica (planta -1). Dejar los ADNs en la caja marcada como "ARRAYS" en el congelador que hay en el pasillo enfrente de la entrada a la Unidad de Genómica (cajón "1").

Los usuarios externos deben enviar las muestras a nuestra unidad por correo postal (ver abajo).